通过自下而上蛋白组学分析及自上而下蛋白组学分析，对蛋白药物结构全面鉴定。包括：
（1）蛋白质的一级结构，测定其一级结构有助于研究蛋白质的功能。质谱技术可以用于蛋白质一级结构的测定，包括：
①分子量检测；
②氨基酸组成分析；
③肽段序列分析。
（2）蛋白二硫键鉴定和定量分析，因为二硫键的正确形成对于这些蛋白质的稳定性和活性至关重要，而且很多蛋白质品以及生物制剂的靶蛋白都有这些属性，所以二硫键配对状态的精确解析对于它们的结构功能研究和相关品的研发、质控有重要价值。
（3）蛋白质纯度和均一性表征以及蛋白质纯度和均一性表征的一系列服务，检测：
①污染物；
②蛋白质变体；
③异构体；
④S-S链错配；
⑤不完整蛋白产物；
⑥降解蛋白；
⑦蛋白质修饰；
⑧蛋白质聚集体和蛋白质前体；
（4）蛋白表达后修饰，如糖基化分析。N糖是生物药物中，尤其是单抗药物中最广为人知的糖基化形式，其中N-聚糖结构会影响药代动力学、药效学和免疫原性，采用高分辨质谱进行检测，对样品中的糖型进行解析，匹配全面的数据库。
